A Faculdade de Ciências da Saúde obedece a uma organização nacional, sendo as questões da Saúde distribuídas por diversos domínios e localizações regionais.

Diretora da Faculdade de Ciências da Saúde e Enfermagem
Profª. Doutora Ana Mineiro

Diretor Adjunto da Faculdade de Ciências da Saúde e Enfermagem
Prof. Doutor Paulo Alves

Conselho de Direção da FCSE: 

• Prof. Doutor Paulo Alves, Diretor-adjunto
• Profª Doutora Amélia Simões Figueiredo, vogal
• Profª Doutora Filipa Ribeiro, vogal
• Profª Doutora Joana Rato, vogal
• Prof. Doutor João Amado, vogal
• Prof. Doutor Manuel Luís Capelas, vogal
• Prof. Doutora Silvia Caldeira, vogal

• Diretora Executiva: Drª Maria João Pacheco
   
• Assessora de Direcção: Zita Bento
   
• Marketing e Comunicação: Drª Joana Borges de Almeida 
   
• Gabinete de Relações Internacionais e Mobilidade:
  • Profª Liliana Braguez, coordenadora
  • Profª Doutora Rita Canaipa, co-coordenadora
  • Drª Ana Godinho, executive responsible 

Secretariado de cursos:

• Otília Calheiros
• Zita Bento
• Hélio Tavares